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药品合格证管理系统是一种用于管理药品合格证的信息系统。药品合格证是指国家药品监督管理部门颁发的，证明药品生产企业生产的药品符合质量标准及药品注册批件规定的证书。药品合格证管理系统主要包括药品合格证管理、证书查询、证书打印、证书有效期管理等功能，可以帮助药品生产企业管理药品合格证，提高药品生产的质量控制水平。同时，药品合格证管理系统也可以为监管部门提供数据支持，有利于药品监管工作的开展。
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